Für das Rendern von Proteinen können die Export Funktionen von Molmol verwendet werden, welches im Vergleich zu anderen Programmen wirklich sehr gute Ergebnisse liefert.
Diese Programm eignet sich gleichwohl für Chemie als auch für Biologische Zwecke.
Das Paket ist zur Zeit in der Version 2.5.1 erhältlich, aber die Sunsite-Mirror enthalten in ihren Science/Biology-Unterverzeichnissen immer noch die Linux-Version 2.2.0. Nach Entpacken (z.B. nach /usr/local/lib/molmol) startet man das Installationsscript mit ./INSTALL, was eigentlich nur die Variable MOLMOLHOME setzt. Das kann man natürlich auch per Hand in der Datei .../molmol/molmol tun. Zum Schluss noch einen Link mit z.B.
ln -s /usr/local/lib/molmol/molmol /usr/local/bin/molmol
setzen.
Die Dokumentation befindet sich nach der Installation in den Verzeichnissen .../molmol/help und .../molmol/man, wobei eine Einführung als HTML-Version enthalten ist: .../molmol/man/tutorial.html. Hier werden anhand von Beispielen die Schritte erläutert, die zu einem Makro führen. Mit diesem User-Makro und mit den breits vorinstallierten Standard-Makros (über File/Macro/Execute Standard) lassen sich z.B. Darstellungen der Sekundärstruktur von Eiweißen (Faltblatt/Helix-Bereiche) oder Strukturen mit Potentialflächen (Oberflächenladung) erzeugen. Je nach Molekülgröße und Arbeitsaufgabe kann die Intensität der Berechnungen ein Pentium-Linux-System schon mal etliche Minuten lahmlegen! Mit eingefrorenem X11-Display geht man dann besser Kaffee trinken.
Hier geht es zur Homepage:
MolMol