3D-Visualisierungs-Programm. Die Scriptsprache bei diesem Programm ist ebenfalls sehr mächtig, kann aber im Vergleich zu Pymol nicht mithalten.
Das Visualisierungs-Programm RasMol ist für nichtkommerzielle Nutzung frei erhältlich und auf Mac, Windows und diversen Unixen, so auch Linux, verfügbar. Es dient der räumlichen Darstellung von Proteinen, Nukleinsäuren und kleineren Moleküen. RasMol wird von der Pharmafirma Glaxo in Zusammenarbeit mit der Universität von Edinburgh entwickelt. Maintainer ist Roger Sayle von Glaxo Research and Development. RasMol kann z.B. 3D Proteinstrukturen abbilden, die im Format der "Brookhaven Protein Database" (*.pdb, *.ent) vorliegen. Verschiedene andere Formate, wie mdl, Tripos' Sybyl mol2 und xyz sind ebenfalls ladbar. Hat man vielleicht ein 3D-File im falschen Format vorliegen (es gibt ca. 35 verschiedene 3D-Formate für Moleküle), so kann man es mittels eines Übersetzungsprogramms namens BABEL in etwas RasMol-lesbares konvertieren.
Das Programm zeigt ein Hauptfenster mit Menübalken und einen Prompt in der aufrufenden Shell. Befehle können per Menüpunkt oder per Shellbefehl eingegeben werden. Falls also der Help-Button nicht funktioniert (soll vorkommen!), wird auf der Programmshell help bzw.help commands eingegeben. Das Öffnen von Dateien erfolgt per Übergabe in der Kommandozeile oder durch den Menüpunkt File/Open und nachfolgender Eingabe des Dateinamens in der Programmshell. Proteine können über das Menü Display als Drahtmodell, Band, Stick oder Ball-and-Stick gerendert und mittels Maus in beliebige Positionen gedreht werden. Momentaufnahmen lassen sich z.B. im ppm oder gif -Format (WWW-tauglich) speichern. Beispiele stehen in /usr/lib/rasmol/data und sind über die Home-Page von RasMol zu bekommen. Zur Dokumentation siehe /usr/lib/rasmol oder /usr/doc/rasmol. Auch man rasmol ist wie immer :-) ein guter Tip. Die mir vorliegende Binärversion für Linux/X11 ist statisch mit den Motif-Bibliotheken gebunden und läuft nur auf 8 Bit-Displays.
Hier geht es zur Homepage:
Rasmol